中国官方和民间发展科学和技术的热情在世界范围内都屈指可数，但有一个问题始终存在：中国一直缺乏关于创新的系统研究（尤其是基于中国自己创新实践的理论研究），现今中国的创新理论是碎片化的舶来品和对创新认知的混合体。甚至关于科学和技术的基本概念的认知都存在问题，中国科技创新实践中的一些顽疾与这些认识误区有直接的关系。科学技术在英文的表述中是“科学和技术（science and technology）”,翻译成中文时变成了科学技术，简称科技。一字之差带来了理解上根本性的差异，在英文语境里科学和技术是两件不同的事情，在中文里却变成了一个东西。久而久之，科学和技术在中国普遍被当成一个独立于经济活动之外的系统。在中国，从政府、知识界到公众，普遍认为：在高等院校、体制内科研机构的从业人员才是科技工作的主体，所以才有所谓“科技与经济两张皮”的说法，这种表述一直是官方文件的重要判断，并且成为多年来政府制定科技战略、政策的重要依据。在这种相当正式的官方表达里，科学技术被明确作为独立于经济活动的存在，是一个独立的系统。虽然近年也开始重视以企业为主体的技术创新，但在经济系统之外有一个独立的科技系统，从认识和实践上都是中国科学和技术发展的一个重要特征。从世界科学和技术发展的历史来看，科学和技术一直是两件不同的事情，遵循不同的发展规律。科学的功能是发现，解决的是认识世界的问题；技术的任务是创新，解决的是改造世界的问题。所以，技术一直存在于经济活动中成为解决问题的一种能动性的手段和工具，技术创新的概念从一开始就是经济学理论的一部分。也就是说，技术创新指的是一种经济活动而不是科研活动。中国提出科技创新，是基于把科学技术当成独立于经济活动之外的系统，并且把科学和技术看成同一件事情，在这个概念里，创新更多指向体制内大学、科研机构的工作，而且把科研活动当成更高级的创新。这是对科学和技术概念的一个严重误解。当我们把科学和技术当成一个独立于经济之外的系统时，很容易产生第二个认知偏差：技术源于科学。中国社会有一个带有普遍性的观点，科学是更高级的东西，技术发展依赖于科学发现，科技进步遵循自上而下的方式进行，“基础研究—应用基础研究—技术开发—成果转化”成为中国科技发展路径模式的标准设计。“技术源于科学”的认识不能说是一种错误，但如果把它当成科学与技术关系的全部就走向了谬误。追索科学和技术发展的历史，技术作为一种经济活动存在的历史要比科学久远得多，技术在大多数时间都是独立进化，并且正是因为技术的进化导致了科学的出现而不是相反。正如复杂经济学的创始人布莱恩.阿瑟在《技术的本质》中所提到的：“科学和技术是两个不同的概念，科学建构于技术”，“技术不是科学的副产品，而是或许恰好相反，科学是技术的副产品”。中国人对科学和技术的认识，与科学和技术在中国的发展历史密切相关：近代科学在西方兴起时，产业技术、市场经济已经进化到相当程度，推动了科学成为一个独立的领域，科学发展是建立在社会进步产生的进一步认识世界的需求上。
中国的情况不是这样，建国初期发展科学和技术是建立在政治领导人对科学与技术发展重要性的判断上，当时产业技术发展和市场经济还没有出现，国家对科学和技术的需求主要体现在国家安全方面，科学和技术在中国的存在方式基本上以体制内事业单位作为唯一的载体，并且持续了相当的时间，这也是导致科学和技术在中国逐渐被作为一件事情来看待的实践基础。
近代科学和技术发展史的大部分时间里，是技术驱动科学进步的历史，直到1945年7月范内特.布什递交给当时的美国总统杜鲁门的那篇著名的报告《科学：无尽的前沿》诞生，科学发现对社会和经济发展的能动性作用才得到人们的重视，并且着力推动基础研究带动的自上而下的科技进步方式。新中国科学和技术发展历史完整的覆盖在《科学：无尽的前沿》提供的范式里，以至于我们几乎完全忽视了还有需求驱动的技术创新模式的存在，即便在人们对科学寄予无限热情的20世纪，发达国家并没有摒弃需求驱动技术创新的模式，美国DARPA计划的本质是通过释放军方的应用场景来发展颠覆性技术并且持续取得巨大成功的实践。美国DARPA（Defense Advanced Research Projects Agency）是美国国防高级研究计划局的简称，是美国国防部下属的负责研发军用高科技的行政机构。对科学和技术基本概念认识的偏差，对中国科学和技术的发展产生了深刻的影响，当下中国创新体系的大多数问题，都与这些基本概念认识的误区有关。本来建大学、建国家级研究机构的目的是为了科学发现，结果是大部分人都挤在科学热点地带去回答外国人提出的问题。我们3000多所高等院校大都待在舒适区工作，买昂贵的外国仪器设备就为了发几篇论文，有的学校为了在外国人搞的排行榜上攀升几个名次，单次论文引用奖励高达上千元，中国大学排行榜的进步竟然用这种手段实现，实在令人叹为观止。这些年来，随着国家科学和技术管理部门对国际评价方法的重视，国内大学、科研究机构一窝蜂玩起了国际评价，但只要中国知识机构大规模参与的国际排行榜，不用几年这些指标就被玩残了。我们对科学和技术的模糊认识导致了大学和科研机构定位和管理上的失误，本来他们的主业应该是两件事情：第一，在无人区开展科学发现的工作，形成源头创新的成果；第二，培养优秀人才。所谓科学发现是要在“无人区”探索，意味着认识新现象的方法、工具、仪器设备都要你自己设计、研制，当美国人威胁要制裁我们时才发现：科研仪器、检测设备、工具软件这些科研条件都不是我们自己的，为什么没有，你不在无人区工作，你不搞真正的科学发现，怎么有机会去发明、设计、制造这些工具。没有无人区工作的基础，也直接反映在人才培养上，中国如此大规模的投入却始终没有世界人才金字塔尖上占有一席之地。科技概念混淆还导致对体制内科研机构的评价一直找不到一个很好的方法，搞科技意味着他怎么玩都有理，不去无人区探险却去搞与企业争利的研发，然后还要政府再拿一笔钱搞成果转化，中国的大学和科研机构以这种养尊处优的状态存在，既不经济亦不道德。因为技术创新的那部分投入本来就应该投在企业，投在经济活动中，“科技与经济两张皮”的判断实际上是因为对科学和技术概念认识误区造成的伪命题。其实，我们只要把大学和科研机构逼进无人区（当然，很多机构目前还不具备在无人区开展工作的能力，那就好好教书或者到市场中去做技术），这些问题自然而然就解决了。真正需要转化的是在无人区工作获得的成果，不是技术成果，技术本来就应该放在企业里面做，国家在成果转化环节巨大的资源投入其实相当一部分是因为概念混淆造成的资源错配。对科学和技术认识的偏差也深刻反映在创新文化中，把科学和技术当成一个东西容易造成对技术工作的歧视，社会公众普遍认为科学是更高级的东西，学生不愿读职业学校，工程师也要出示“教授级工程师”的名片，不跟科学扯上一点关系显不出社会地位。中国在数控机床、高端装备领域这些需要工艺和经验积累的领域始终上不去跟上述认识有关。台湾的大学在亚洲的排名远不及大陆，但在培养半导体工程师，发展芯片产业核心技术方面成绩非凡。日前碰到一位来自台湾的企业家，她做出了业界领先的传感器芯片，她大大方方展示自己硕士毕业的教育经历，却有一种掩饰不住的对20年工程师经历的职业自豪，令人影响深刻。什么时候我能见到中国工程师的这种职业自豪，也许所谓大国工匠精神才能得以实现。上述那些问题从根本上解决需要体制机制的重大改革，非一日之功。但有几件事情还是可以努力去做些改变：科学和技术史应该入教材。这几年美国人在科技领域掀桌子教会了我们很多东西，其中一件事情是意识到我们的创新文化是有缺陷的，这是一种先天性的缺陷，因为缺乏近现代科技史洗礼造成的基因缺陷。科技史上那些伟大发现的思想渊源、那些科学巨人、发明奇人的成长经历、那些违反常识的方法路径和奇思妙想，以及产生这些人物、发现、发明的历史文化背景，都是我们认识科学和技术发展规律的最好教材，也是弥补我们没能体验那段历史缺憾的最好的方式。创新的密码隐藏在波澜壮阔的科学和技术史里，集当今世界最杰出的创新理论学者都不能完整呈现创新的规律和路径方法。目前的创新理论研究机构依附于科学和技术部门的现状，经常成为部门利益的说客和辩护者，很难有独立的研究和思考。以中国这样的科学和技术活动规模，应该形成关于科学发现和技术创新的系统研究成果，并以此指导国家战略和政策制定。